Struktur Organisasi Dinas Kesehatan Kabupaten Pasuruan ditetapkan dengan Peraturan Daerah Kabupaten Pasuruan No. 16 Tahun 2016 dan Perbup No. 44 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Dinas Kesehatan Kabupaten Pasuruan.
Dinas Kesehatan dipimpin oleh seorang Kepala Dinas. Dalam menjalankan tugasnya Kepala Dinas dibantu oleh satu orang Sekretaris dan 4 (empat) orang kepala Bidang, yaitu :
Bidang Kesehatan Masyarakat
Bidang Pencegahan dan Pengendalian Penyakit
Bidang Pelayanan Kesehatan
Bidang Sumber Daya